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兵将抢劫掠夺，杀死许多青年壮男。黑齿常之不满，于是与左右十余亲信逃回本部，重新聚集散兵游勇，以任存山为根基，结栅固守。百济民众都来归附，旬日间聚众三万余人，苏定方派兵进攻，黑齿常之率敢死队战败唐军，并乘胜收复本国二百余城。苏定方无计可施，不久奉命撤军返唐。后来福信率众起事，黑齿常之和沙叱相如各自占领险要之地响应。百济这次又被唐所败，两人也领兵投降。
刘仁轨的建议一提出，孙仁师立刻提出异议说：“这些人都是人面兽心，怎么能够信任！”刘仁轨解释道：“我看这二人都是智勇双全、有信有义的壮士。因以前投错了人，所以背叛；今遇明主，正是回报皇恩，建功立业之时，用不着疑虑。”于是供给粮草、器械，并调遣部分唐军支援，最后攻陷了任存城。百济将领迟受信抛妻弃子，狼狈逃往高句丽。百济至此再次被唐全部平定。
高宗见已经完成用兵百济的任务，于是下诏命刘仁轨率军留守百济，召孙仁师、刘仁愿回朝。百济经历战乱，尸横遍野，满目荒凉。刘仁轨令人掩埋骸骨，整顿村邑，登记户籍；任命官员、疏通道路、架设桥梁、修复水库、筑堤补堰、劝课农桑、存养孤老、赈济贫乏、立唐社稷、颁唐历法，使百济百姓丰衣足食；然后屯田储粮，训练士卒，准备随后进击高句丽。
麟德元年（公元664年）十月，熊津都督刘仁轨上奏，反映留守百济的唐军士兵大多疲弱，衣衫不整，思乡盼归。其因在自显庆五年（公元660年）以后，国家降低对士卒待遇。此前士卒牺牲，朝廷要派专使吊祭，追赠官爵，或授死者的官爵与子弟。并且只要是渡海征辽东的，一律赐勋一级。可是显庆五年（公元660年）以来，多次出征，渡海作战的兵将，官不记勋，战死的也没有人理会，所以没有人愿意从军。这样，州县每次征发百姓为兵，强壮而富有的，用财物贿赂官吏就可以免除，贫困的即使老弱也被征发。而且这次东征百济，离家时只叫准备一年资装，如今已经两年，还没有归期。刘仁轨最后恳切指出：“陛下留兵海外，镇守百济，是为了灭亡高句丽。百济和高句丽以往关系密切，倭国人距离虽远，也是支持百济的潜在力量。大唐要是没有大军镇守，百济很容易死灰复燃。今日既然留兵镇守，又置屯田，要想站稳根基，全靠将士同心协力。愿陛下改弦更张，厚加慰劳，明赏重罚以激励将士之心。要不然，只怕兵士疲惫衰老，大事难成。”
高宗观刘仁轨上书后，非常赞同，立即派右威卫将军刘仁愿率军渡海换防留守百济的旧镇兵，并召刘仁轨一同回唐。刘仁轨对刘仁愿说：“国家在外国驻扎兵马，是想图谋高句丽，这不是件容易的事。如今还没有获得收成，原镇守的将士要是一起回归，恐刚刚降服的百济会生变故。最好暂留旧兵，令其收获，准备资粮，分批遣还；而将领依然留下镇守，这样才最有把握。”刘仁愿连忙道：“我上次返唐，遭到很多诽谤，竟然诬陷我留下很多兵将，阴谋割据百济，差点遭受大难。今日我只能照章办事，怎么胆敢擅自更改。”刘仁轨凛然道：“只要有利于国，就都应该去做，怎能顾及个人安危！”遂上书陈述利害关系，自请留镇百济。高宗答应了，同时任命原百济太子扶余隆为熊津都督，令他返回百济安抚民众。
麟德二年（公元665年）八月，高宗命扶余隆和新罗王金法敏在熊津城冰释前嫌，订立盟誓，并造金书铁契藏于新罗庙中。在这之后，刘仁轨带新罗、百济、倭国使者渡海回唐，追随高宗祭泰山。高句丽也派太子福男参加了这一大典。
（5）遣将击高句丽
乾封元年（公元666年）高句丽内部发生变乱。这年五月，泉苏文死，长子泉男生继任莫离支。因为刚刚执掌国政，要外巡诸城，令弟泉男建、泉盖男产留守京城平壤。这时，有人对泉男建、泉男产说：“男生怀疑你俩，想寻找机会加以铲除，与其等死，不如先下手为强。”两人起初没有相信。又有人对泉男生说：“你两位弟弟担心你回京城后收回权力，阴谋要阻止你回去。”男生听后心生怀疑，秘密派遣心腹往平壤窥探，不料被泉男建、泉男产抓住。这时，两人对前述的话已完全相信，遂假借王命召泉男生速回平壤。泉男生明白其中有诈，不敢回归。泉男建自任莫离支，兴兵讨伐。泉男生边固守国内城自保，边派儿子泉献诚到唐廷求救。
唐廷立刻抓住高句丽内乱的战机，六月，任命右骁卫大将军契苾何力为辽东道安抚大使，领军救援泉男生；任命泉献诚为右武卫将军，担任向导；同时任命右金吾卫将军庞同善、营州都督高侃为行军总管，协同作战，讨伐高句丽。九月，庞同善将高句丽兵打得大败，泉男生率本部与庞同善两军会师。高宗下诏封泉男生为辽东道大都督兼平壤道安抚大使、玄菟郡公。
十二月，唐又加派兵将，以李世勣为统帅，以安陆、郝处俊为副。而且，把黄河以北各州租赋统统运送给军用。李世勣率大军渡过辽水后，首先进攻新城。他认为该城是高句丽西境兵家必争之地，要是不先攻克，就很难攻取别的城池。
乾封二年（公元667年）九月，正当李世勣指挥唐军猛烈攻城时，城中人师傅仇等捆绑了城主献城归降。李世勣令契苾何力留守，然后率军乘胜进攻，连克十六城。这时，泉男建派高句丽兵偷袭新城，想夺回这一战略要地，却被唐将薛仁贵击败。唐将高侃领兵到达金山，不敌高句丽军，领兵北撤，高句丽军乘胜追击，在这关键时刻，薛仁贵率军增援，从中间进攻，大破高句丽军，随后连续夺取南苏、木底、苍岩三城，与泉男生等会师。
郭待封率水军从另外一条道路进军平壤，李世勣令冯师本供应军粮，可是中途船只破损没有按时到达。待封军中粮草缺乏，想写信禀告李世勣，又担心被高句丽军截获从而获知军中实情。没有办法，只得作离合诗派人传递。李世勣见诗大怒道：“军情紧急，还有闲心作诗，我定要将他斩首！”幸赖行军管记通事舍人元万顷说明了他的真意，李世勣才明白过来，派人送去军粮器械，解了待封军的燃眉之急。
郝处俊率领一支兵马先期到达平壤城下，但尚未列好队形，高句丽军突然杀来。唐军震惊，郝处俊却十分冷静，坐
在胡床上一边吃干粮，一边指挥精锐部队出击，取得了胜利。将士们都十分敬佩他过人的胆略。
薛仁贵在金山大败高句丽军，连取三城后要乘胜率军三千人进攻扶余城。众将都认为兵力不足，薛仁贵却说：“兵不在多，更重要的是主将是否善于指挥。”于是身先士卒，挥师前进，连战连捷，于总章元年（公元668年）二月占领了扶余城。扶余川一带四十余城随即归降。
泉男建派五万兵马试图夺回扶余城，半路与李世勣所率唐军主力在薛贺水相遇，两军展开激战，结果高句丽军大败，三万余人被杀。李世勣乘胜又攻克大行城（今辽宁丹东南）。
就在此月，侍御史贾言忠奉命从辽东回京，高宗询问军情，言忠回答：“高句丽这次肯定被扫平。”并陈述理由道：“隋炀帝三次东征失败，主要是因为人心分离怨恨；先帝东征也没有成功，只因高句丽没有衅隙。如今形势不同：高句丽王高藏权势微弱，权臣专政；泉盖苏文死后，泉男建兄弟互相残杀；泉男生归降大唐，成为我军的向导，我们对敌人情况一清二楚；加以高句丽连年饥馑，人心惶惶；而我方陛下圣明，国家富强，将士尽力，又乘高句丽内乱良机，毫无疑问会获取大捷。”
果如贾言忠所料，总章元年（公元668年）九月十二日，李世勣指挥唐军终于占领了平壤城。此战役过程是这样的：李世勣攻克大行城后，汇合了各路唐军进兵到鸭绿江。高句丽派军抵抗，唐军奋击获胜，追击二百余里，又占领了辱夷城。在唐大军的压力下，高句丽诸城主要么逃走，要么投降。契苾何力率军首先推进到平壤，李世勣率军随后到达，将该城重重围困。随后，唐军连续猛攻达月余之久。高句丽王高藏感到无力坚守，遂派泉男产率官员九十八人持白旗到唐营投降，李世勣待之以礼。泉男建却闭门死守，并不断派兵出战；由于屡战屡败，他把军事委托给僧人信诚指挥。信诚暗中派心腹面见李世勣，表示愿做内应，并约定好日期。李世勣如约攻城，信诚开城门后，唐军蜂拥而进，登城呐喊，鼓声震天，并烧毁城墙四角。泉男建眼见无力回天，拔刀自刺，没有死，被唐军抓住。高句丽王高藏和以前逃亡寄居在此的原百济王扶余丰也做了俘虏。至此，高句丽被唐平定。
十月，李世勣奉命留下薛仁贵领军两万镇守平壤，自己率大军凯旋。十二月初七，高宗在含元殿处置战俘：由于高藏虽居王位，可是却有职无权，免除罪责，赐官为司平太常伯员外同正；泉男产、僧人信诚领兵归降，前者赐官司宰少卿，后者为银光禄大夫；泉男生建立大功，升官为右卫大将军；泉男建负隅顽抗，被流放到黔中；扶余丰则流放到岭南。同时下诏把原高句丽五部、一百七十六城、六十九万余户分划成九个都督府、四十二州、一百个县，选择在战役中建有功勋的原高句丽酋长任都督、刺史、县令。同时派遣唐人参与治理；在平壤建立安东都护府作为管理高句丽全境唐的地方最高政府；提升薛仁贵为右威卫大将军同时任安东都护。
可是许多的高句丽人并不是真心降服。总章二年（公元669年），由于平壤的百姓频繁作乱，这年四月，高宗下令将三万八千二百户迁居到唐的江淮以南及山南、京西空旷之地，而只把疲弱的留下。咸亨元年（公元670年）四月，酋长牟岑起兵反唐，将高藏的外孙高安舜立为王，高宗以左监门大将军高侃为东州道行军总管率兵镇压，高安舜杀死牟岑，逃往新罗。可是反唐活动一直没有停止。
咸亨三年（公元672年）辽东地区出现新的情况。新罗在这时反而开始支持以前的高句丽人反唐。当高侃于该年十二月和叛军在白水山交战时，新罗派兵增援叛军；次年闰五月，唐燕山道总管李谨行在瓠芦河西大败叛军，残部也全逃奔新罗。
新罗王金法敏不仅纵容叛唐势力，而且占领原百济地区，派兵戍守。高宗非常恼怒，于上元元年（公元674年）正月，任命宰相刘仁轨为鸡林道大总管，以李弼、李谨行为副，率军进讨新罗。同时，罢免金法敏的官爵，将居住在唐京城的金法敏的弟弟金仁问立为新罗王，护送回国。第二年二月，刘仁轨在七重城大败新罗军；又令靺鞨渡海攻新罗南境，也杀死了很多人。刘仁轨遵奉诏命班师还朝后，高宗令李谨行为安东镇抚大使，屯驻新罗的肖买城接着扩大战果，不断获胜。金法敏于是派遣使者入唐朝贡，请求恕罪，高宗答应，恢复了金法敏的爵位，并将途中的金仁问召回。
仪凤元年（公元676年），唐在辽东开始采取收缩的战略。这年二月初六，安东都护府被从平壤迁到辽东故城；在这之前，不是汉人任安东都护府官职的，全部罢免。与此同时，将设在熊津城的熊津都督府迁至建安故城。
为了制约逐渐强盛的新罗，仪凤二年（公元677年）二月二十五日，高宗将高藏封为朝鲜王、辽东都督，派回辽东，以安抚以前的余众；从前被迫迁移到唐各州的人也随同返回。同时，封扶余隆为带方王、熊津都督，派回百济安抚百济余众。这时百济荒凉破败，高宗同意他暂时寓居境内。刘仁轨于麟德二年（公元665年）返唐后不久，扶余隆因为害怕新罗的侵逼，不敢留居熊津城而又返回唐朝。高宗还把安东都护府再移至新城，总辖辽东地区。
高藏回辽东后，密谋叛乱，并暗中勾结靺鞨以求支援。没想到走漏风声，被高宗察觉召还，流放到邛州而死，后来其遗骨葬在长安灞水突厥颉利可汗墓左侧。高宗让高藏部众散居在河南、陇右各州，其中贫困的留在安东都护府旁。从此以后，以前的高句丽旧城慢慢被新罗夺取，余众则散入靺鞨及突厥。扶余隆眼见新罗势力强大，也不敢回百济故地。唐试图重新扶植势力来抗衡新罗的战略没有成功。
新罗夺取高句丽、百济地区，疆域增大。一直到唐朝末年，都保持和唐的友好朝贡关系。