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身为可汗，就应同唐皇帝平等，为何要拜他的使者呢？’离间周围邻国作恶，又待人无礼，不除去他，怎么能劝善止恶！高昌将被讨伐。”
（2）征讨高昌
贞观十四（公元640年）三月，薛廷可汗闻听唐要东征，派使入唐请求为唐军作向导，于是太宗派民部尚书唐俭和执失思力带缯帛赏赐薛廷陀，谋划合力攻取高昌。但是太宗对麴文泰幡然悔悟、归顺大唐抱着一线希望。随后又下玺书晓谕祸福，还召麴文泰到唐朝，但是他都装作有病不来。太宗震怒，在十二月初四，以侯君集为交河道大总管，薛万均为副，与□□各部等步骑会合，共数万人出师征讨。
军令颁发后，许多大臣上奏，都觉得跨越万里之外的大漠去用兵，胜负实在难料。况且高昌地处遥远，即使攻克，也无法长久控制，但太宗决心已下，一概不听。
听说唐朝已发兵前来讨伐，高昌王麴文泰对其臣僚说：“从唐到此相隔七千里，而且光沙漠就绵延四千里，既无水草，而且热风如同火烧一般，怎么能派大部队呢？以前我去过唐朝的陇北一带，当时只见眼前人烟稀少，一片萧条，不能与隋朝时相比。现在唐朝派军队来攻伐，粮草必定供给不足，兵少了，又奈何不了咱们，我们应当以逸待劳，坐等他们疲敝。如果他们陈兵城下，二十天之内，只管叫他粮尽兵退，然后我们就能趁机把他们俘虏。难道还有什么忧虑的吗？”但等到听说唐朝部队兵临碛口，他又内心恐惧，不知所措，最后发病死去，他的儿子智盛即可汗位。
唐朝的军队到了柳谷，探子说近日要安葬麴文泰，高昌国内人士都聚集在葬地。将领们都觉得这时候正好发动袭击，侯君集说：“不可。大唐天子以为高昌怠慢无礼，因此才派出正义之师。如今要是在安葬墓地袭击他们，我们就不配称作‘正义’了。”于是擂鼓进军，到达田城，下书晓谕他，高昌不应，于是在清晨开始攻击，到了中午便攻下城池，将七千多百姓俘获。然后又命中郎将辛獠儿为前锋，当夜，进逼其都城，把前来迎战的高昌人打败，而后，唐朝大部队也来到高昌城下。
麴智盛给侯君集写信说：“是我的父亲得罪了大唐天子，他遭了天罚，已经死去。麴智盛刚刚即位不久，请尚书宽恕！”侯君集回信写道：“你如果是真心悔过，应当主动到营门投降。”智盛还是不出来。于是侯君集下令攻城。同时，从城外把如雨一般的飞石投射进去，城内人均躲在房屋中。唐军又造高十丈的巢车，将城内状况尽收眼底。城内人走动以及飞石所投目标，唐军都可以通过巢车上的人得知。先前，麴文泰和西突厥可汗达成互助协议，约定一方遇急另一方相救援；西突厥可汗便将专人派去驻守可汗浮图城，做为麴文泰的援助力量。等唐朝大军开到城下时，西突厥可汗仓皇逃走，驻守大臣举城投降。麴智盛处境狼狈，开门出城投降。侯君集分兵占领各地，后来统计，一共拿下二十二座城池，获得八千零四十六户，一万七千七百人，所控制的土地东西八百里，南北五百里。
太宗想改高昌为州县建置，魏征劝谏道：“陛下刚即位时，受到文泰夫妇的拜竭，文泰以后逐渐骄傲自大，所以加以诛伐。有罪的只有文泰一人。我们应该安抚当地百姓，把它的社稷保存下来，让他的儿子做可汗，则皇上的威德及于荒远之地，四方都会向您归顺。现在要是将其地改置州县，那么还要经常有一千多人镇守，几年一换，这样一折腾，十有三四的人就会死掉，而且还耗费军资，拆散家庭，十年以后，陇右地区将钱财耗尽，大唐还是得不到高昌供给的粮食布匹。正所谓分散有用资财以供奉无用之地，臣觉得此法不要。”太宗不听从其建议，九月，将高昌所在地改置西州，把可汗浮图州改称庭州，并各设所辖县。在交河城设立安西都护府，留下兵力镇守。
侯君集攻高昌时，曾派使者约焉耆出兵与唐合力，焉耆遵命。等到高昌被灭亡后，焉耆王亲自到唐军营拜见侯君集，请求归还被高昌夺去的三城。侯君集奏请后把城连同被高昌掠去的焉耆百姓一起归还了焉耆王。
随后，侯君集携被俘的高昌可汗和君臣及豪强等得胜而归。太宗免麴智盛罪，封他为左武卫将军、金城郡公，还把一并擒来的高昌乐工编入太常寺，原九部乐增高昌乐后形成唐国家法定的十部乐。至此，东起大海，西至焉耆，南起林邑，北至大漠，全部成为唐的直属州县。东西九千五百一十里，南北一万九百一十八里。
自麴嘉建立高昌国起到麴智盛亡国止，中间共经历了九代，历时一百三十四年。而唐得高昌后设安西都护府并留兵镇守，使之成为唐朝进一步向西域发展势力的跳板。